O usuário pode definir o formato da exportação das planilhas (para todas as telas que contém a opção de exportar) como xls ou xlsx. O xlsx suporta uma quantidade de coluna e linhas maior que o xls, mas o xls ocupa menos memória que o xlsx. Por isso, dependendo do que o usuário for mexer, é melhor utilizar um formato no lugar do outro.
O período de preferência define uma data que será a data padrão para todas as telas que precisam que um período seja selecionado. Um exemplo é a Participação dos Sócios nas Empresas.
Essas duas preferências são para cada usuário, ou seja, se você alterar o formato de exportação de planilhas ou o período, não irão afetar nenhum outro usuário do sistema.